新三板做市业务规定券商必须设置专门的做市部门，目前券商做市部门三种模式分别为：将部门归于自营部下属、将部门归于场外市场部下属或直接建立子公司，这三种模式各有偏重，适合不同类型的券商。
6月30日，新三板做市业务仿真测试正式启动，测试期为6月30至7月18日，以一周为周期，分三轮进行测试。目前，一共有14家券商获得新三板做市商资格。
据《21世纪经济报道》，除了已经获得资格的券商以外，超过30家券商已经完成相关筹备工作，向全国股份转让系统公司提出做市业务备案申请。
根据新三板的要求，券商申请做市业务需要4个条件，分别是：1.具备证券自营业务资格、2.设立做市业务专门部门并配备必要人员、3.建立做市业务管理制度、4.具备专用技术系统。
对于做市券商来说，做市部门的设立将直接影响未来做市业务的效率以及与新三板企业的沟通。因为做市业务不仅需要和挂牌公司沟通，还需要对挂牌企业进行定价，并在后续的交易中进行有效的做市对接，提供流动性。
目前券商做市商的主流模式分为三种：将部门归于自营部下属、将部门归于场外市场部下属或直接建立子公司。
第一种模式即在证券公司自营部门下设立独立的二级子部门，专门进行新三板做市业务。这一模式的代表是申银万国和东方证券。其中，东方证券从旗下各个部门抽调人员组建做市团队，部门负责人来自投行子公司东方花旗的保荐代表人，风控主管由自营部门抽调，并从量化团队以及股票研究团队引入交易主管和投研团队。
这一模式和自营业务结合，偏重于做市交易，但离挂牌公司有一定距离。目前许多新三板挂牌企业多数时间和场外市场部接触，而做市部门归属自营部后，部门与企业沟通需要经过场外市场部这一中间环节，将造成一定的沟通成本。
根据现行规定，如果挂牌企业选择做市商转让，在30个交易日内无法找到两家为其做商的机构，则强制改为协议转让方式，而沟通造成的时间成本甚至令企业错过30个交易日的选择时间。
而对券商来说，隶属自营部以后，与企业沟通减弱，也不利于公司获得更多的做市资源。因此这一模式更适用于申银万国这样在新三板有较大市场份额的券商，这些券商前期已经有一定积累，可以与所承销的项目沟通，获得更多的做市潜在项目。据悉，申银万国2013年就开始对挂牌企业进行调查，就做市意图进行沟通。
另一种模式是将做市部门设立于场外市场部之下。据《证券时报》透露，国泰君安、齐鲁证券、光大证券、海通证券等券商采用了这一架构。这一架构的优势在于方便与挂牌企业衔接。
其中，国泰君安已经确立的董事会、业务决策机构和业务执行机构三层组织架构，建立统一与分级授权结合的管理体系。
将做市部门归于场外市场部，能更方便的为券商挑选前期标的，但在后续的做市交易中，需要更多来自交易相关部门的支持。做市商需要严密的交易系统和相关设备，在纳斯达克市场，做市更类似于高频交易，对IT要求极高，如果未来隶属于场外市场部的新三板做市部门无法满足频繁成交下的做市结算，将影响项目后续的市场流动性。
除了以上两种模式以外，另一种模式是通过设立子公司的模式建立做市部门，这一模式的代表是西部证券。西部证券创建子公司推进做市商业务，子公司不隶属任何部门。
虽然西部证券直接设立子公司的做法显示了公司对做市业务的重视，但相较于建立下属部门，这一模式由于需要工商注册等一系列的程序，流程繁琐。
现阶段，大部分券商正在与挂牌企业进行做市谈判，其核心在于未来做市的价格，企业希望自己挂牌股权能售出高价，而券商则有自身的定价标准，最终得出的定价与企业自身预期有一定落差。同时，由于做市商处于初步阶段，大多数券商不会一次性投入过多资金，通常投入1-3亿元，如果后期市场流动性活跃，挂牌企业做市意愿强烈，且优质标的众多，价格能达成一致，则券商将会追加资金投入。
